En 1862, Charcot est chef de service et le fils du carrossier se range des voitures, il épouse une veuve fortunée. Il s’embourgeoise. Il est enfin libre d’exprimer son génie.
De 1862 à 1870, en moins de temps qu’il n’a fallu pour le nommer « patron », avec ses assistants, Charcot fait avancer la connaissance des maladies neurologiques comme personne avant lui. Sa méthode anatomo-clinique installe des règles modernes, elle impose de relier « l'étude soigneuse des symptômes à la constatation du siège anatomique des lésions après la mort ».
Pour décrire les maladies il faut connaitre l’anatomie et comprendre la physiologie, le fonctionnement du système nerveux. Prolongeant la découverte de Broca (la zone du langage, en 1861) il participe à décrire les localisations des fonctions dans le cerveau et les faisceaux qui acheminent les informations et les commandes via la moelle (dont Brown-Séquard est le véritable découvreur). Puis, il s’attaque aux maladies. Il va se faire un nom en le donnant à de nombreuses affections, la Sclérose Latérale Amyotrophique (SLA) est appelée « maladie de Charcot », l'Ataxie Locomotrice a des atteintes articulaires nommées «arthropathies de Charcot», les hématomes cérébraux sont dus à la rupture des « micro-anévrysmes de Charcot et Bouchard », la « maladie de Charcot-Marie-Tooth » est une affection héréditaire des nerfs etc. En 1866, il publie ses « Leçons cliniques sur les maladies des vieillards ». Hélas, en 1867, il n'obtient pas la chaire qu’il convoitait alors que Vulpian est nommé professeur d'anatomie pathologique mais il reste son ami et en 1868 ils répertorient ensemble les signes de la sclérose en plaques. Il obtient enfin le titre de Professeur en Anatomie Pathologique, puis est élu à l'Académie de médecine à 48 ans, en 1873. En 1882, devenu la star de la neurologie il est le récipiendaire de la chaire de Neurologie qu’on crée pour lui. La première au monde. Il entre à l'Académie des sciences dix ans plus tard. Ce ne sont pas les commencements de la carrière de Charcot qui nous intéressent, sa description des symptômes et des maladies de la neurologie portent le témoignage de la grandeur du personnage, de sa rigueur scientifique. Même ses pires détracteurs reconnaissent son génie.
C’est la deuxième partie de sa vie, son passage de neurologue opératif scrupuleux à psychiatre spéculatif, quand il décide de repousser la frontière des maladies du cerveau dont il pensait avoir tout découvert, pour explorer le vaste domaine de la pensée, et des maladies mentales.
Freud en témoigne dans une lettre de 1886 : « Charcot avait l’habitude de dire que, généralement parlant, le travail de l’anatomie était achevé, et que l’on pouvait dire que la théorie des maladies organiques du système nerveux était complète; ce dont il fallait maintenant s’occuper, c’était des névroses ». A partir de ce moment, il tourne son regard acéré vers la psychiatrie. L'hystérie. Et déterminer la vocation de Freud a devenir psy.
